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高等植物
| 和名・学名 | 科 目 | 愛媛県カテゴリー |
|---|---|---|
| シコクハンショウヅル Clematis obvallata （Ohwi) Tamura var. shikokiana Tamura | キンポウゲ科 | 準絶滅危惧(NT) |
| シコクヒロハテンナンショウ Arisaema longipedunculatum M.Hotta | サトイモ科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シコクフクジュソウ Adonis shikokuensis Nishikawa et Koji Ito | キンポウゲ科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シシンラン Lysionotus pauciflorus Maxim. | イワタバコ科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シソクサ Limnophila chinensis （Osbeck) Merr. subsp. aromatica （Lam.) T.Yamaz. | ゴマノハグサ科（APG：オオバコ科） | 準絶滅危惧(NT) |
| シソバタツナミ Scutellaria laeteviolacea var. laeteviolacea Koidz. | シソ科 | 情報不足(DD) |
| シナミズニラ Isoëtes sinensis T.C.Palmer | ミズニラ科 | 絶滅危惧1A類(CR) |
| シノノメソウ Swertia swertopsis Makino | リンドウ科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シバスゲ Carex nervata Franch. et Sav. | カヤツリグサ科 | 絶滅危惧2類(VU) |
| シバナ Triglochin asiatica （Kitag.) A. et D.Löve | ホロムイソウ科（APG：シバナ科） | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シマキケマン Corydalis balansae Prain | ケシ科（APG：ケマンソウ科） | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シマモクセイ Osmanthus insularis Koidz. | モクセイ科 | 絶滅危惧1A類(CR) |
| シモツケ Spiraea japonica L.f. | バラ科 | 準絶滅危惧(NT) |
| シモツケヌリトラノオ Asplenium boreale （Ohwi ex Sa.Kurata) Nakaike | チャセンシダ科 | 絶滅危惧2類(VU) |
| シャクジョウソウ Monotropa hypopithys L. | イチヤクソウ科（APG：ツツジ科） | 絶滅危惧1A類(CR) |
| ジャコウソウ Chelonopsis moschata Miq. | シソ科 | 準絶滅危惧(NT) |
| ジュウニヒトエ Ajuga nipponensis Makino | シソ科 | 絶滅危惧2類(VU) |
| ジュズネノキ Damnacanthus macrophyllus Siebold ex Miq. | アカネ科 | 情報不足(DD) |
| シュスラン Goodyera velutina Maxim. | ラン科 | 絶滅危惧2類(VU) |
| ジュンサイ Brasenia schreberi J.F.Gmel. | スイレン科（APG：ハゴロモモ科） | 絶滅危惧1B類(EN) |
| ショウキラン Yoania japonica Maxim. | ラン科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シラタマカズラ Psychotria serpens L. | アカネ科 | 情報不足(DD) |
| シラヒゲソウ Parnassia foliosa Hook.f. et Thomson var. foliosa | ユキノシタ科（APG：ウメバチソウ科） | 絶滅危惧2類(VU) |
| シラン Bletilla striata （Thunb.) Rchb.f. | ラン科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
| シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana （L.) Heynh. | アブラナ科 | 絶滅危惧1B類(EN) |
