（平成23年４月現在）（平成23年４月現在）
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| 果樹研究センター | 総務室 | 庶務会計等 | |
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| 栽培開発室 | 果樹栽培、土壌関係 | ||
| 施設土壌班 | 果樹の施設栽培、品種適応性、土壌・肥料・環境保全調査 | ||
| 落葉果樹班 | 落葉果樹の品種改良、栽培管理、果実管理、調査 | ||
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| 病理昆虫室 | 病害虫関係 | ||
| 病害班 | 果樹の主要病害の発生予察、病害の生態と防除、調査 | ||
| 虫害班 | 果樹の主要病害の発生予察、病害の生態と防除、調査 | ||
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| みかん研究所 | 育種栽培室 | 暖地かんきつ栽培改善及び土壌肥料に関する試験研究、調査 | |
| 育種班 | かんきつの新品種育成・選抜、品種特性調査 | ||
| 栽培班 | かんきつの栽培管理、果実管理・品質向上調査 | ||
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