環境監視室は大気環境科、水質環境科、環境監視科の3科で構成され、大気汚染防止及び水質汚濁防止のための環境や工場･事業場等発生源の監視･調査、また航空機などの騒音調査や産業廃棄物最終処分場の排出水調査やゴルフ場から環境中へ流出する農薬の調査のほかに、光化学スモッグ等に関する調査研究なども行っています。

環境科学室は資源環境科、生物環境科の2科で構成され、焼却灰等の廃棄物から、バクテリアを利用した有用金属の回収等に関する研究や、里地・里山における生物多様性の保全に関する調査研究を行っています。