微生物試験室は細菌科、ウイルス科の2科で構成され、細菌、ウイルス検査並びに業務に関連した調査研究を行っています。また、保健所の検査担当者の研修指導、愛媛大学医学部・県立医療大学の講習実習（非常勤講師）、看護学生に対する研修も行っています。

疫学情報室は臨床検査科、疫学情報科の2科で構成され、先天性代謝異常等検査、臓器移植の組織適合性検査等の試験検査及び業務に関連した調査研究を行っています。また、平成13年度に感染症情報センターが設置されたことに伴い、感染症情報事務を行っています。

理化学試験室は水質化学科、食品化学科、薬品化学科の3科で構成され、水道水、食品、医薬品等の試験検査並びに業務に関連した調査研究を行っています。また、保健所の理化学試験担当者及び水道事業体等の技術系職員に対する研修指導も行っています。